Micro-organisme unicellulaire sans noyau (procaryote) retrouvé aussi bien chez l’homme que dans l’environnement. Il existe différents types de bactéries : les commensales et les pathogènes. Les bactéries commensales sont retrouvées chez l’homme au niveau cutané, génital, digestif, et des voies respiratoires supérieures. Ces bactéries participent au maintien de la santé.

Par exemple, au niveau de la flore intestinale, elles jouent un rôle dans le métabolisme des aliments et la nutrition, mais aussi un rôle barrière contre les microorganismes pathogènes, de par leur présence. Les bactéries pathogènes vont entraîner des infections, qui pourront être traitées avec des antibiotiques. On parle de pathogène stricte pour les bactéries entraînant une infection chez les personnes en bonne santé (tuberculose, méningite) ou opportuniste pour les bactéries responsables d'une infection lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies.