Parmi les effets indésirables des traitements anti-VIH des troubles du métabolisme ont été constatés : il s’agira le plus souvent de troubles du métabolisme lipidique (augmentation du cholestérol et des triglycérides sanguins), du métabolisme glucidique (augmentation du glucose sanguin, diabète) ou bien du métabolisme osseux (ostéoporose, ostéonécrose).