Les épitopes sont des régions spécifiques des antigènes qui sont reconnues par le système immunitaire. Quand le système immunitaire reconnaît ces épitopes comme étant étrangers à l'organisme, il réagit. Il active ainsi une réponse immunitaire spécifique qui produit des anticorps et des lymphocytes T CD8 cytotoxiques qui éliminent les cellules infectées.