Caractérisation du bruit transcriptionnel du VIH-1 dans les lymphocytes T et son implication dans la régulation de la latence virale

Résumé du projet

La latence du VIH-1 est un obstacle majeur à la guérison du VIH-1. Les provirus latents dans les  lymphocytes T CD4+ sont indétectables par le système immunitaire, mais s’activent et provoquent un rebond viral lors du retrait de la thérapie antirétrovirale. Les expériences avec les lymphocytes T de patients infectés par le VIH-1 ont montré que la réactivation des virus latents est stochastique. L’une des causes de cette stochasticité est les fluctuations aléatoires du promoteur viral entre les états  actifs et silencieux, conduisant à des variations de production d’ARN dans le temps. Ces variations de production d’ARN s’appelé le bruit transcriptionnel et ils ont été révélées par l’imagerie de la transcription du VIH-1 dans les cellules vivantes, montrant en outre que le promoteur viral peut s’allumer stochastiquement et produire une quantité importante d’ARNm, déclenchant la sortie de latence.

Bien que ces études mettent en lumière le comportement du promoteur du VIH-1, les mécanismes sous-jacents de ce processus sont énigmatiques. En outre, il y a un manque de connaissances sur les bruits transcriptionnel dans les lymphocytes T, qui sont les principales cibles de l’infection par le VIH-1 et qui constituent le réservoir de virus latent. Notre projet vise à étudier le bruit transcriptionnel du VIH-1 dans la lignée de lymphocyte T par la microscopie de cellules vivantes. Nous utiliserons l’ approche de visualisation de l’ARNm basée sur la protéine MCP fusionne avec GFP qui lie l’ARN spécifiquement et permet sa visualisation par la microscopie à fluorescence. L’analyse et la modélisation des données permettront d’élucider les principales différences de la régulation transcriptionnelle entre les virus actifs et latents. Les résultats obtenus seront utiles pour concevoir des nouvelles stratégies therapeutiques qui vont soit activer le réservoir latent menant à son élimination par des effets cytopathiques de virus ou par le system immunitaire, soit bloquer le virus dans un état latent profond.