RECHERCHE Fondamentale - Epidémiologie

Analyser la propagation du VIH grâce aux génomes viraux.
Jeunes Chercheurs, Recherche Fondamentale

Financement

Porteur du projet : Emma SAULNIER (Fin de Thèse)
Responsable Scientifique : Samuel ALIZON

Laboratoire : Institut de Recherche et Développement UMR 5290 CNRS-IRD-UM - MIVEGEC - Université de Montpellier
MONTPELLIER - Occitanie

Montant : 28 927  € - Durée : 12 mois

Résumé

Une étude récente a montré que l'épidémie du VIH continuait de s'étendre, contredisant les conclusions de l'ONUSIDA. Au delà du débat des chiffres, la modélisation est essentielle pour mieux comprendre la propagation des épidémies et établir des mesures de contrôle. Elle permet de mesurer la vitesse de propagation des épidémies à travers un paramètre épidémiologique essentiel : le R0. Classiquement ce paramètre est mesuré à partir des données de recensement du nombre de cas, qui sont malheureusement soumises à des biais. Depuis 2004, se dessine une alternative à cette approche : la phylodynamique. Elle se base sur le fait que la propagation des virus mutant rapidement (tels que le VIH) laisse des traces dans leur génome. Depuis de nombreuses méthodes plus précises ont été développées pour estimer le R0 des épidémies virales à partir des séquences.

De plus, le coût du séquençage ayant considérablement réduit, on a aujourd'hui accès à de plus en plus de séquences. Cependant les méthodes de phylodynamique actuelles sont limitées à étudier peu de séquences et des scénarios simplistes qui représentent mal la réalité de l'épidémie. Depuis plus de vingt ans, le VIH est séquencé quasiment en routine chez les personnes porteuses. Ceci a conduit à l'élaboration de grandes bases de données comme celle de la cohorte suisse et explique que de nombreuses études de phylodynamique ont été faites sur le VIH. Toutefois, ces études concernent souvent les pays les plus riches, alors que 75% de l'épidémie de VIH se situe en Afrique sub-saharienne. Le projet PANGEA-HIV a donc été créé afin d'étudier la propagation de l'épidémie de VIH dans cette région de l'Afrique grâce au séquençage de 20.000 génomes et afin d'identifier des cibles pour une nouvelle campagne de traitement. Enfin la plupart des études portent sur le VIH du groupe M qui est devenu pandémique mais le VIH du groupe O persiste lui aussi, notamment en France.

Les travaux précédent de la thèse ont mené à la validation d'une nouvelle approche phylodynamique basée sur la simulation, qui permet d'analyser plus de séquences et des scénarios plus détaillés. A présent, l’objectif est de mettre cette approche au service de la lutte contre l'épidémie de VIH: analyser les données du projet PANGEA-HIV, étudier la propagation du VIH-O et identifier des variations du R0 pour l'épidémie de VIH en Suisse.

Année

2016